La CGT a toujours affirmé que la précarité des emplois dans la recherche était contraire au besoin d’attractivité de ce secteur. Or si l’emploi en contrats à durée déterminée reste proportionnellement stable entre 2008 et 2015 aux alentours de 10 à 12 %, le nombre de thèse reste stable à 20 % des étudiants mais augmente de 30 à 35 % par rapport aux effectifs salariés des établissements de recherche. Tous les doctorants font pourtant un travail de recherche pendant 2 à 3 ans pour le compte des établissements avec lesquels ils ont un contrat, mais tous n’y trouveront pas un emploi en CDI.
D’autres ombres planent sur la précarité des salariés.

Les contrats à objet défini adopté dans la loi de "modernisation du marché du travail" du 25 juin 2008 peuvent avoir une durée de 12 à 36 mois pour la durée d’une mission ou d’un projet. Les programmes de recherche pluriannuels laissant place peu à peu à une gestion de la recherche par projet, il y a fort à craindre que les directions dans le public comme dans le privé cherchent à lier les contrats de travail à la durée des projets.
La rupture conventionnel du contrat de travail à durée indéterminé dite "séparation à l’amiable" permet aussi aux employeurs de précariser les CDI sans avoir désormais recours aux CDD.
Toutes les réorganisations et regroupements de laboratoires auraient tendance à rendre encore plus illisible le panorama de la recherche française. Alors les gestionnaires de nos établissements publics se sont précipités sur une possibilité offerte par la loi dite "Pacte de la Recherche", ils créent des fondations. Il faut savoir qu’en plus de ne pas y prévoir d’instance de représentation des personnels, ces fondations auront la possibilité d’embaucher elles mêmes, y compris des chercheurs et ce sans aucun contrôle syndical et citoyen.